腸球菌的致病機制分為以下幾個方面：細胞溶解素、明膠酶E、腸球菌屬表面、腸球菌屬膠原蛋白黏附素。
1、細胞溶解素
由兩個亞單位組成的細菌外毒素，通過質粒傳播腸球菌屬毒力因子，具有細胞毒性，能溶解真核細胞和原核細胞，使細胞死亡，刺激產生炎癥因子，繼而破壞靶細胞達到致病結果。
2、明膠酶E
金屬蛋白酶，間接促進潛在供體菌與受體菌結合，有利于致病質粒播散促進炎癥發展及過氧化物的產生。激活腸球菌屬自溶素，使腸球菌鏈的長度縮短，有利于腸球菌屬在宿主組織內擴散。清除腸球菌屬表面合成異常的致病蛋白，有利于合成正常的志斌蛋白在腸球菌屬表面停留發揮致病作用。直接或間接講解宿主細胞的膠原蛋白或組織蛋白，使宿主細胞喪失完整性，有利于腸球菌屬及其致病物質向組織周圍擴散。
3、腸球菌表面蛋白
腸球菌表面蛋白使腸球菌屬表面分子量最大的一種蛋白質。大分子腸球菌屬表面蛋白有利于腸球菌屬對宿主細胞的黏附。小分子腸球菌屬表面蛋白有毅力腸球菌屬逃避宿主免疫系統的清楚作用。
4、腸球菌屬膠原蛋白黏附素
腸球菌屬膠原蛋白黏附素屬于黏附素之一，在所有真核細胞中膠原蛋白、蛋白聚糖和結構糖蛋白均屬于胞外矩陣蛋白。正常情況下他們被上皮細胞或皮細胞覆蓋，不易被細菌黏附。發生損傷時組織的完整性遭到破壞，胞外矩陣蛋白暴露，細菌在黏附素作用下定植，導致發生感染。
5、聚集物質
聚集物質是腸球菌屬表面唯一有聚間集作用的表面蛋白，可以介導腸球菌屬與宿主細胞之間的黏附，促進致病治理的轉移和感染發生。
6、糞腸球菌心內膜炎抗原
糞腸球菌心內膜炎抗原是腸球菌的黏附素表面蛋白，被證實具有黏附功能，可能與感染性心內膜炎有關。
