目前大腸桿菌活細菌治療的改造方法有四種，一是重組質粒轉移。pMUT質粒被認為是一個可靠的編輯平臺。通過將目的基因拷貝到質粒上，然后將質粒轉入大腸桿菌，就能實現目的基因在大腸桿菌中的表達。

二是利用合成生物學和基因編輯技術對大腸桿菌進行重組，CRISPR/Cas9系統這一革新技術解決了以往外源基因不穩定和對代謝產生負擔的問題，但將大的DNA片段整合到大腸桿菌的染色體中仍然很困難三是細菌菌影，是革蘭氏陰性菌在噬菌體PhiX174的裂解基因E的作用下形成不含核酸、核糖體等胞質內容物的細菌空殼。這種細菌空殼保留了與天然細菌一樣的完整外膜結構，且不具有活菌樣的致病作用，菌影內部及外膜上可裝載DNA、抗原和藥物等異源物質，易被機體免疫細胞識別捕獲，使其成為一種新型的生物遞送載體。另外，菌影具有制備簡單，易于保存等優點。四是小細胞。小細胞包含除了染色體DNA外的其他親本細胞所有成分。將某些特異性的抗體或配體結合到小細胞表面可以使小細胞具有腫瘤靶向性。文獻參考：Effendi SSW, Ng IS. Prospective and challenges of live bacterial therapeutics from a superhero Escherichia coli Nissle 1917. Crit Rev Microbiol. 2023 Sep;49(5):611-627. doi: 10.1080/1040841X.2022.2109405. Epub 2022 Aug 10. PMID: 35947523.